Mikrobiologia – bakterie, grzyby i wirusy - Animallab Laboratoria Weterynaryjne

Badania laboratoryjne w zakresie mikrobiologii dla zwierząt są niezwykle istotną gałęzią weterynaryjnej diagnostyki laboratoryjnej. Dzięki nim jesteśmy w stanie wykryć i zidentyfikować drobnoustroje, wywołujące szereg jednostek chorobowych.

Posiewy bakteriologiczne wykonuje się najczęściej w przypadku podejrzenia wystąpienia miejscowego zakażenia (wymazy), zakażeń dróg moczowych (mocz) lub obecności bakterii enteropatogennych, wywołujących objawy ze strony układu pokarmowego (kał).

Jak pobrać i przesłać materiał do laboratorium, aby uzyskać wiarygodny wynik?

Wymazy:
- Sposób pobrania: aby materiał był diagnostyczny, należy umieścić wymazówkę w podłożu transportowym. Może to być zwykłe podłoże (przezroczyste) lub z dodatkiem węgla drzewnego (czarne). Podłoża te pozwalają zachować żywotność drobnoustrojów, zapobiegając ich wysychaniu i nie mają wpływu na ich namnażanie, co pozwala otrzymać wiarygodny wynik posiewu. Dodatek węgla drzewnego (czarne podłoże) zwiększa przeżywalność bakterii o wysokich wymaganiach odżywczych.
- Czas przechowywania: wymaz należy dostarczyć do laboratorium w ciągu dwóch godzin od pobrania, jednak jeśli to konieczne, można przechowywać go w temp. 2-8°C przez 2-3 dni.
Mocz:
- Sposób pobrania: mocz na posiew bakteriologiczny powinien być pobrany przez punkcję pęcherza moczowego i przesłany w strzykawce. Jeśli materiał zostanie pobrany na łyżkę wazową lub do kuwety, może zawierać bakterie środowiskowe, co należy wziąć pod uwagę, analizując wynik.
- Czas przechowywania: mocz w razie konieczności można przechowywać w lodówce przez maksymalnie 24 godziny.
Kał:
- Sposób pobrania: mikrobiologię kału można wykonać z wymazu z prostnicy bądź bezpośrednio z próbki kału. Jeśli kał jest płynny, należy przesłać go w strzykawce.
- Czas przechowywania: próbkę kału podobnie jak mocz można przechowywać w temp. 2-8°C do 24 godzin.
Płyny z jam ciała:
- Sposób pobrania: płyny należy przesłać w strzykawce.
- Czas przechowywania: płyny można przechowywać w temp. pokojowej do 12 godzin, jednak najlepiej dostarczyć materiał niezwłocznie. W przypadku PMR zalecane jest przechowywanie go w temperaturze nieco wyższej: 35-37°C. Nie wolno dopuścić do jego schłodzenia.

Nasze laboratorium oferuje dwie metody wykonania oznaczenia lekowrażliwości drobnoustrojów:

Metoda krążkowo-dyfuzyjna jest powszechnie stosowana w badaniu lekowrażliwości drobnoustrojów i umożliwia badanie szerokiej gamy antybiotyków;
MIC (ang. minimal inhibitory concentration – minimalne stężenie hamujące wzrost) jest metodą wykorzystywaną w terapii celowanej. Sprawdza się w przypadkach szczepów wielolekoopornych lub gdy istnieje podejrzenie, że stosowana dawka antybiotyku jest zbyt niska oraz u pacjentów z chorobami współistniejącymi, u których wskazane jest zastosowanie możliwie jak najniższego stężenia antybiotyku.

Grzyby drożdżopodobne

Grzyby drożdżopodobne, podobnie jak bakterie, wchodzą w skład naturalnej mikroflory zwierząt. Ich niewielka ilość nie ma wpływu na prawidłowe funkcjonowanie organizmu zwierzęcia. Problem pojawia się wtedy, gdy wskutek obniżenia odporności, uszkodzenia bariery skórnej lub długotrwałej antybiotykoterapii dochodzi do ich nadmiernego namnożenia i wystąpienia drożdżycy.

Dermatofity

Dermatofity to grzyby chorobotwórcze, rozwijające się na powierzchni naskórka, włosów i pazurów, wywołując grzybicę. Prawidłowa diagnostyka dermatofitoz ma istotne znaczenie z uwagi na ich potencjał zoonotyczny, czyli zdolność do przenoszenia ze zwierzęcia na człowieka.

Infekcje wirusowe

Wykrywanie infekcji wirusowej wykonuje się za pomocą:

badań PCR
testów antygenowych
testów na obecność przeciwciał

Choroby wirusowe są często bardzo zaraźliwe i istotne jest, by zarażone zwierzę zostało jak najszybciej odseparowane od innych, aby wirus nie miał możliwości rozprzestrzeniania się. Co więcej, nieleczone infekcje wirusowe, zwłaszcza te o gwałtownym przebiegu, przeżywa jedynie niewielki odsetek zwierząt. Im szybciej rozpocznie się leczenie, tym większe szanse na wyzdrowienie.

Przykłady diagnostyczne:

Pseudomonas aeruginosa, czyli pałeczka ropy błękitnej, jest częstą przyczyną zakażeń zewnętrznych przewodów słuchowych zwierząt, zwłaszcza psów. Te Gram-ujemne pałeczki to oportunistyczne bakterie, wywołujące trudno leczące się stany zapalne. Ich identyfikacja jest możliwa poprzez wykonanie posiewu bakteriologicznego lub badania cytologicznego. Trudność w leczeniu zakażeń wywołanych przez te bakterie wynika z ich nabytej wielolekoporności i naturalnej oporności na większość powszechnie stosowanych antybiotyków.

Escherichia coli (pałeczka okrężnicy) to Gram-ujemna, względnie beztlenowa bakteria wchodząca w skład naturalnej mikroflory jelitowej zwierząt stałocieplnych. Oprócz szczepów fizjologicznych mogą pojawić się również szczepy enteropatogenne, wywołujące objawy ze strony układu pokarmowego, m.in. szczep enterotoksyczny (ETEC) czy enterokrwotoczny (EHEC). Ich genotypowanie jest możliwe za pomocą technik PCR. Oprócz zakażeń związanych z przewodem pokarmowym Escherichia coli jest również częstą przyczyną infekcji układu moczowego i innych infekcji narządowych, takich jak rany pooperacyjne.

Wśród bakterii z rodzaju Staphylococcus możemy wyróżnić niewielką grupę gronkowców koagulazododatnich, czyli zdolnych do wytwarzania koagulazy, powodującej krzepnięcie osocza krwi. Koagulaza może chronić komórki bakteryjne przed fagocytozą poprzez ich osłonę przed leukocytami i przeciwbakteryjnymi czynnikami, zawartymi w surowicy oraz opłaszczanie neutrofili fibryną. Głównym przedstawicielem gronkowców koagulazododatnich jest Staphylococcus aureus (gronkowiec złocisty), który jest groźnym chorobotwórczym gatunkiem, wywołującym oportunistyczne zakażenia u zwierząt.

Campylobacter spp. – Campylobacter jest helikalną, mikroaerofilną bakterią Gram-ujemną, zdolną do ruchu. Wywołuje chorobę zwana kampylobakteriozą, która przebiega najczęściej pod postacią zapalenia żołądka i jelit lub tylko zapalenia jelit. Materiałem do badań w przypadku podejrzenia kampylobakteriozy są: kał, treść jelit, zawartość żołądka. W obrębie rodzaju Campylobacter występuje ponad dwadzieścia gatunków i podgatunków. Częstość występowania u psów bakterii z rodzaju Campylobacter sięga od 21 do 76,2%, zaś u kotów do 92%.

Listeria monocytogenes – to Gram-dodatnie, tlenowe, krótkie pałeczki. Bakteria odpowiedzialna jest za wywoływanie tak zwanej listeriozy. Odkrycie tej bakterii przypada na rok 1924, kiedy to u chorujących na posocznicę królików i świnek morskich wyizolowano te nieznane dotychczas drobnoustroje. Na infekcję narażone są również psy, koty, ptaki, ryby czy skorupiaki. Głównym źródłem zakażenia dla zwierząt są gleba i kiszonki. Listeria monocytogenes po przedostaniu się do przewodu pokarmowego, osiedla się i namnaża w kępkach Peyera, a następnie jest fagocytowana przez monocyty i makrofagi. Za pośrednictwem zakażonych monocytów bakteria jest roznoszona po organizmie. Zakaża i namnaża się min. w hepatocytach, fibroblastach czy komórkach dendrytycznych. U królików bakteria powoduje ronienia lub nagłe padnięcia w późnej ciąży. Mogą też występować nieswoiste objawy, takie jak utrata apetytu i związany z nią spadek masy ciała oraz osłabienie. U kotów choroba występuje rzadko i może objawiać się osłabieniem, brakiem apetytu, bolesnością jamy brzusznej, wymiotami i biegunką. U psów w wyniku zakażenia L. monocytogenes rozwija się posocznica oraz pojawiają się objawy neurologiczne przypominające wściekliznę.

Pasteurella multocida to Gram-ujemne drobne pałeczki lub ziarniako-pałeczki, nieruchome i niewytwarzające przetrwalników. Choroba jaką wywołuje nazywamy pasterelozą. Bakteria występują licznie na błonach śluzowych jamy nosowej, jamy ustnej, gardła i tchawicy zwierząt domowych oraz dzikich. Drobnoustrój jest różnorodny i złożony pod względem odmian antygenowych, predylekcji do gospodarza oraz patogenezy. Do najczęściej stwierdzanych procesów patologicznych, w których uczestniczą te bakterie, należą zakażenia górnych i dolnych dróg oddechowych, ropniaki opłucnej, stany zapalne gardła, zakażenia układu moczopłciowego, posocznice, zakażenia ran kąsanych oraz ropnie podskórne.

Bordetella bronchiseptica to Gram-ujemna pałeczka, która kolonizuje drogi oddechowe ssaków. Choroba jaką wywołuje nazywamy bordetelozą. Zakażenie wiąże się z szerokim wachlarzem objawów ze strony układu oddechowego – od łagodnego przebiegu choroby z gorączką, kaszlem, kichaniem, wypływem z worków spojówkowych i uogólnionym powiększeniem węzłów chłonnych do ciężkiego zapalenia płuc z dusznością, sinicą i możliwym zejściem śmiertelnym. Bordetella bronchiseptica jest ważnym czynnikiem etiologicznym infekcji układu oddechowego u kotów domowych, szczególnie w warunkach dużego zagęszczenia (schroniska lub gospodarstwa domowe z licznymi kotami). U psów głównym objawem bordetelozy jest ostry, napadowy kaszel, najczęściej suchy i ulegający zaostrzeniu po wysiłku lub przy nadmiernym pobudzeniu. U królików występuje charakterystyczne kichanie bez widocznych zaburzeń stanu ogólnego. Na początku u zakażonego królika pojawia się wodnisty, a później śluzowo-ropny cuchnący wypływ z nosa, któremu często towarzyszy zapalenie spojówek.

Corynebacterium renale to względnie beztlenowa, Gram-dodatnia pałeczka. Powoduje zapalenie nerek i pęcherza moczowego. Corynebacterium renale jest bakterią powszechnie identyfikowaną w moczu świnek morskich chorych na kamicę moczową. Stany takie jak uraz, niedrożność dróg moczowych i anomalie anatomiczne mogą predysponować do zakażeń układu moczowego. Ponadto bardziej zasadowe pH moczu może blokować niektóre mechanizmy obronne układu odpornościowego, ułatwiając w ten sposób kolonizację układu moczowego.

Helicobacter spp. jest Gram-ujemną, mikroaerofilną pałeczką posiadającą biegunowe rzęski warunkujące jej zdolności do ruchu. Bakterie z rodzaju Helicobacter są szeroko rozpowszechnione wśród zwierząt. Podzielono je na dwie grupy: bakterie żołądkowe i jelitowo – wątrobowe. Gatunki żołądkowe takie jak: H. pylori, H. mustellae, H. felis, H. heilmannii, kolonizują górny odcinek przewodu pokarmowego i mogą prowadzić do przewlekłego zapalenia żołądka i dwunastnicy, choroby wrzodowej oraz raka żołądka. Gatunki jelitowo-wątrobowe, które po raz pierwszy wykryto u gryzoni i wykazano, że są zdolne do kolonizacji jelit i wątroby, a także biorą udział w patogenezie chorób tych narządów. Należą do nich: H. hepaticus, H. bilis, H. pullorum, H. ganmani i inne. U zwierząt udokumentowano ich rolę w powstawaniu chorób zapalnych wątroby i jelit, nowotworów pęcherzyka żółciowego i wątroby oraz wywoływaniu przewlekłych biegunek.

Salmonella spp. są Gram- ujemnymi, względnie beztlenowymi pałeczkami. Drobnoustroje z rodzaju Salmonella są pierwotnymi patogenami wielu zwierząt, tj. ssaków i ptaków. Choroba jaką wywołują nazywamy salmonelozą. Do zakażenia dochodzi głównie drogą pokarmową, w następstwie spożycia wody lub produktów spożywczych zanieczyszczonych tymi pałeczkami. Salmoneloza w większości przypadków charakteryzuje się ostrym przebiegiem. Objawia się gorączką, bólem brzucha, biegunką, nudnościami oraz wymiotami. Bardzo szybko może doprowadzić do odwodnienia.

Clostridium perfringens jest Gram-dodatnią, ściśle beztlenową, przetrwalnikującą laseczką. Szczepy należące do gatunku C. perfringens podzielono na 5 toksynotypów/biotypów (A-E) na podstawie zróżnicowanych zdolności do wytwarzania czterech toksyn takich jak: toksyna alfa (α), beta (β), epsilon (ε) i jota (ι). Każdy z toksynotypów jest związany z inną jednostką chorobową u zwierząt. C. perfringes typu A jest odpowiedzialny za rozwój ostrych i przewlekłych biegunek z jelita cienkiego u psów i kotów oraz krwotocznych biegunek u psów.